1916年7月14日，军务院宣告撤销。

军务院成立之初，即宣告该院的组织，实因时势的必要，暂设以补助法定机关的不足。其组织条例中也已经明载，等正式国务院成立时撤废。因此，当约法、国会次第恢复，梁启超即乘机为促唐继尧撤销军务院。他有意结束南北分裂局面，以免军务院被人利用，想结好于段祺瑞。

7月14日，军务院由抚军长唐继尧领衔通电，宣布撤销。北京政府接获军务院宣告撤销的电文后，即由大总统黎元洪以私人名义复电原军务院与事诸人，嘉勉有加。

同日，中华革命军也奉孙中山谕通告各支分部：『破坏既终，建设方始，革命名义，已不复存，既一切党务，亦应停止。』护国战争结束了。