1644年5月，闯王李自成退出北京后，起义军虽然打了几次胜仗，可是由于没有十分稳固的根据地安身立脚，往往是仓促应战，战败之后退避三舍，在军事上常常处于被动状态，由河北一直退到山西，再由山西退到关中。在山西作战时，李岩率领起义军两万人到河南平定叛乱，准备重整旗鼓，再造新局面。但是大顺朝丞相牛金星，却诬陷李岩回河南是要独立称王。

李自成听信谗言，生了疑心，杀掉了李岩，使起义军内部军心涣散，士兵们无心恋战。这给了清军可乘之机，他们兵分两路追击，李自成在损失大将的情况下腹背受敌，无奈从陕北退至湖北。

第二年5月，在距离江西九江40里处被清军攻入老营，大顺军久历战阵，功勋卓著的大将刘宗敏被俘，军师宋献策、明军降将左光先、李自成的两位叔叔赵侯和襄南侯以及大批随军将领家属也被清军俘获。刘宗敏、宋献策和李自成的两位叔叔当时就被杀害。就在这个时候，大顺朝丞相牛金星认为大势已去，竟然置江山社稷于不顾，不辞而别，开了小差，投降了清军。这对大顺政权以及军队不能不说是一个致命的打击。

大顺军在湖北阳新、江西九江连续遭受重大挫折后，往东的去路已经被清军截断。他们手中掌握的数万艘船只也被清军掠夺一空。清朝亲王多铎的部队已由河南归德（商丘）、安徽泗州直趋南京。李自成沿江东下、向安徽一带发展的意图已经无法实现，不得不掉头向西南方向进军，准备穿过江西西北转入湖南。1645年7月26日，李自成行至湖北通山县境内九宫山下时，突然遭到当地地主武装的袭击。当时跟随在李自成身边的只有28名亲兵。地主武装见状一拥而上，28名战士先后被杀害，李自成也在激烈的搏斗中壮烈牺牲，时年仅39岁。

李自成牺牲后，他的部下一致推选他的侄子李过做首领，改名李锦，继续和清军进行斗争，但是，因为受着时代的限制以及阶级本身的局限性，李自成领导的农民起义军在取得胜利以后放松了对敌人的警惕，对明朝的反动残余势力和清朝军队的力量估计不足，在自身内部也产生了矛盾。这些都在不同程度上削弱了自己的力量，在敌人的联合进攻下终于在1664年失败了。