1906年11月6日，清廷公布厘定中央官制方案，除内阁、军机处及外务、吏、学部仍保留规制外，其余各部均有大幅度变动。

户部改为度支部，增划入财政、税务2处；巡警部改为民政部；太常、光禄、鸿胪寺并入礼部；兵部改为陆军部，将练兵处、太仆寺并入，并暂管海军部和军咨府事；工、商部合并为农工商部；刑部改称法部；大理寺改院，理藩院改部；另新增设邮传部。

在重新任命担任军机大臣和各部尚书的13名高级官员中，汉人仅占5名。特别重要的几个部，如度支部、陆军部，均掌握在满人手里。稍后，清廷又将手握重权的张之洞调任军机大臣，袁世凯调任外务部尚书，并将北洋陆军4镇指挥权收归陆军部。