1988年12月7日，长崎市长本岛在市议会答辩时，发表了认为昭和天皇有战争责任的见解。此后，右翼团体纠集数十辆宣传车在长崎市政厅周围和市内进行了多次骚扰。一度使长崎市内正常秩序受到破坏。市政厅办公楼的玻璃也曾被枪弹打破。本岛市长及家属的人身安全受到威胁。本岛市长多次受到人身攻击和无端指责，并收到装有子弹的恐吓信。但日本的许多有识之士赞许他的见解和勇气。他前后收到7300多封信，其中多数对他表示支持。为预防万一，警方对本岛市长采取全天保卫措施。到1989年夏天，本岛市长要求除特殊情况可以解除保卫措施。

1990年1月18日下午3点5分左右，长崎市长本岛等在市政厅门前乘车时，遭到一名暴徒枪击，子弹从他身后左肩处穿透前胸。本岛市长被立即送到医院抢救，医生说他尚无生命危险。暴徒乘车逃跑。

枪击事件发生后，日本全国为之震惊，舆论哗然。日本政府发言人、内阁官房长官森山说，犯人凶恶至极，给社会造成重大影响，期待尽早把犯人捉拿归案，查清事件。支持本岛市长见解的市民组织『要求言论自由长崎市民会』的代表、长崎大学教授岩松繁俊说，这是倒退到战前恐怖时代的行为，实在令人震惊。本岛市长发表认为天皇有战争责任的见解以后，我们征集了38万人表示支持的签名。这次枪击事件证明日本的民主主义社会仍是浅薄的。与长崎市同遭原子弹之害的广岛市市长荒木武说，不论枪击者持有什么想法，暴力手段是法治国家不能允许的，祈望本岛尽快恢复健康。