府院之争指民国五至六年(1916年至1917年)总统府与国务院之间的权力斗争， 是以黎元洪为首的总统府集团与以段祺瑞为首的国务院集团之间争权夺利的斗争，实质上反映了美、日两国在争夺中国权益上的矛盾和中国统治集团内部争夺势力的矛盾。

1916年6月袁世凯死后，原第一任副总统黎元洪依法继任大总统，段祺瑞任国务总理，段以北洋正统派首领自居，依附日本军阀，掌握军政大权，与黎元洪分庭抗礼。

先是在国务院秘书长人选问题上，黎元洪和段祺瑞发生了争执，最后由徐世昌出面了结。一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方斗争更趋激烈。

为了达到主战的目的，段祺瑞将其手下的十几个督军叫到北京，组成『督军团』，对黎元洪施加压力，但未获成功；后来段祺瑞又叫人写了对德宣战书要总统盖印，黎元洪为了平息风波，勉强在文件上盖了章。即使这样，段祺瑞仍不满足，在国会开会讨论时，又大肆干涉，终于触动了众怒。

恰在这时，段祺瑞私自向日本借款一事被揭露。1917年5月21日，黎元洪瞅准时机在这时下令撤销了他的总理职务，段祺瑞愤然离京去津，并且指根据临时约法，总统无权撤销总理职务，不承认黎的免职令。因一方为总统府，一方为国务院，所以它们间的争斗被称为『府院之争』。

之后黎元洪请督军团团长张勋于6月14日入京调解。张勋入京后，拥立宣统复辟。事件为段祺瑞所镇压，黎元洪于事后辞去总统职，总统改由冯国璋担任。府院之争告一段落。