香港特别行政区行政长官(取「特区首长」简称为特首)，由分别来自38个界别分组，代表不同行业、专业、劳工、社会服务团体及区域组织的800人组成的选举委员会选出，中华人民共和国国务院任命。

根据《基本法》的规定，行政长官由选举委员会选举产生。1997年第一届行政长官由第一届的选举委员会选出，成员800人，中央政府任命。2002年第2届特首由同一选举委员会选出。2005年第2届特首补选已于2005年7月10日举行，选举委员会成员大致与原有的相同。有缺位的选举委员会委员由与立法会同一功能组别的选民(各界别合共160，000人)选出。2007第3届特首选举内容仍未有定案，唯2004年4月26日的第10届人大常务委员会第九次会议已否定了2007年普选特首、2008年普选立法会的可能。

根据《基本法》规定，香港特别行政区行政长官每届任期是5年，每人只可以连任一次。如行政长官在任期完成之前因故离职，继任人应在6个月内产生。2005年，全国人民代表大会常务委员会以解释基本法方式说明补选的行政长官只是完成前任馀下的任期。

香港特别行政区第一、二届(部份)行政长官是董建华。2005年3月12日，他在未完成第2任期的情况下以健康理由辞职。董建华辞职后，按照《基本法》规定，由当时任政务司司长的曾荫权署理行政长官职务。

香港特别行政区现时的行政长官是曾荫权。他于6月16日成为行政长官补选中的唯一候选人，因此根据《行政长官选举办法》自动当选，6月21日中央政府任命为行政长官，即日就任，并于6月24日赴京正式宣誓就职。

2007年3月25日，曾荫权以高票当选第三届行政长官人选。国务院总理温家宝4月2日签署国务院第490号令，任命曾荫权为中华人民共和国香港特别行政区第三任行政长官，于2007年7月1日就职。